インフルエンザウイルスに感染すると、気道の粘膜細胞（ねんまくさいぼう）が侵されて、咽頭、結膜、鼻腔など粘膜に炎症を起こします。 もっとも多い症状は発熱と悪寒で、ふつうのかぜより強くでます。

細菌に感染しやすくなるため、中耳炎、副鼻腔炎(ふくびくうえん)、肺炎などにかかりやすくなるのが特徴です。ごくまれに脳症、 脳炎を合併することがありますが、原因は不明です。

潜伏期間は1～3日です。ほかにせき、頭痛、のどの痛み、疲労感、鼻みず、関節痛、下痢などの症状をともないます。 筋肉の炎症を起こし、足の痛みを訴える子もいます。

一般的に、ほとんどの発熱は2～4日でおさまります。ウイルスの型によっては2～3日めにいったん下がり、その後、 再び発熱することもあります。

熱が下がっても、しばらく、せきやたんが続くことが多いのですが、これは、気道の粘膜の機能が回復するのに時間がかかるためです。